Desde 1996 trabajamos en el Proyecto de Fotoidentificación de Ballena Jorobada en Bahía de Banderas, conocido como Catálogo FIBB. Hasta la temporada 2012- 2013 el catálogo cuenta con 1,967 individuos diferentes fotoidentificados y una base de datos de 5,888 registros. Actualmente estamos trabajando en las temporadas 2014, 2015 y 2016.

En la temporada 2007 iniciamos el proyecto de fotoidentificación de Ballena Jorobada en el Parque Nacional Isla Isabel, Nayarit. Los resultados del muestreo esperan apoyar la iniciativa de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP) de delimitar dentro del Parque Nacional Isla Isabel un área marítima de entre 5 y 10 kilómetros alrededor de la Isla, para garantizar la protección de ésta y otras especies marinas. También se espera comparar el comportamiento de las ballenas en esta zona, prácticamente libre de navegación, con Bahía de Banderas, para ver el posible efecto de las embarcaciones sobre el comportamiento de las jorobadas. Otro de los objetivos es realizar un censo de la población de ballena jorobadas que arriban o pasan por el parque nacional.

En 2009 colaboramos en el Plan de Acción para la Conservación de Especies: PACE Ballena Jorobada, de la CONANP. En 2011 trabajamos junto con la Universidad Autónoma de Baja California Sur (UABCS) en el Programa de Protección Regional para Ballena Jorobada en Los Cabos, BCS y en Bahía de Banderas, Rincón de Guayabitos y San Blas (Costa de Jalisco y Nayarit). Este programa fue patrocinado por CONANP.

En 2004, 2005 y 2006 participamos en el proyecto de investigación internacional SPLASH (Estructura de Poblaciones, Abundancia y Estatus de la Ballena Jorobada en el Pacífico Norte), y con  NOPP OBIS SEA MAP (Mapeo y distribución de las ballenas jorobadas en el Pacífico Norte).

También colaboramos con el Catálogo Nacional de Ballena Jorobada de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), con la Universidad Autónoma de Baja California Sur (UABCS), la Universidad de Colima (UAC) y de la Universidad del Mar en Oaxaca (UMAR).

Participamos en el proyecto de fotoidentificación de delfín nariz de botella (Tursiops truncatus) del Instituto Tecnológico de Bahía de Banderas y con el programa de protección y conservación de tortuga golfina (Lepidochelys olivacea) en las costas de Jalisco y Nayarit.